A seguir transportavam o corpo para o Per-Nefer, a Casa da Mumificação, onde o processo de embalsamamento começava. Colocado o corpo sobre uma mesa de madeira, iniciava-se a remoção do cérebro, cuja função para os egípcios era desconhecida e considerada sem importância. O órgão era jogado no lixo, pois não acreditavam que ele fosse necessário no além-túmulo. Depois de quebrar com um cinzel o frágil osso do topo do nariz, enfiavam na narina um comprido gancho de bronze, de ponta curva ou espiralada, com o qual retiravam a massa encefálica aos pedaços. Não se tratava de um trabalho assim tão difícil, considerando-se que o cérebro é formado por 75% de água. Raspavam os últimos resíduos com uma espécie de colher longa e lavavam o interior do crânio com óleo de palma e incenso.

Munidos de uma faca de obsidiana*, considerada uma pedra sagrada, faziam uma pequena incisão ao longo do lado esquerdo do corpo. O local exato desta incisão no corpo mudou com o passar do tempo e sua localização pode, potencialmente, ser usada para relacionar a múmia a um período particular da história egípcia. Por ali removiam cuidadosamente os órgãos abdominais, com exceção dos rins. Estes eram considerados tão sem importância a ponto de não existir uma palavra no idioma egípcio para designá-los e quando eram removidos isso ocorria de forma meramente acidental. A seguir cortavam o diafragma para remover os pulmões. Os egípcios acreditaram que no coração estava a essência de uma pessoa, que ele era a sede da emoção e da mente e, assim, quase sempre o deixavam no corpo. Os outros órgãos eram lavados, encharcados com natrão, protegidos com resina quente, embrulhados em tiras de linho e armazenados em vasos de cerâmica decorativa. Estes recipientes, que os egiptólogos batizaram de vasos canopos, protegiam os órgãos na passagem para a vida após a morte. Quando os sacerdotes danificavam os intestinos, colocavam uma corda em seu lugar dentro do vaso.

Removidos os órgãos, os embalsamadores enxaguavam a cavidade vazia do tórax com vinho de palma para purificá-la. Para manter o corpo com a mesma forma que tinha em vida, enchiam a cavidade com incenso e outros materiais, o que impedia que a pele fosse puxada para dentro da cavidade quando o corpo secasse. A boca podia ser preenchida com linho ou até mesmo com cera e a língua às vezes era coberta por uma placa, frequentemente feita de ouro. Se as posses do falecido não permitisse pagar por todo esse procedimento, havia a alternativa mais econômica. Sem fazer qualquer incisão, os sacerdotes apenas injetavam uma mistura oleosa no interior do abdómen e arrolhavam o ânus para impedir a saída do líquido. Tal substância, semelhante a aguarrás, era tão forte que dissolvia as entranhas, arrastando-as consigo quando, passados alguns dias, a rolha era retirada. Esse procedimento foi realizado em um sepultamento de várias princesas enterradas juntas durante a XI dinastia (c. 2134 a 1991 a.C.).

No Período Greco-romano (332 a.C. a 395 d.C.), os órgãos internos eram frequentemente deixados no lugar. Consequentemente, muitas múmias deste período mostram preservação pobre do tecido humano e danos causados por insetos.

* Obsidiana = Feldspato potássico de origem vulcânica que tem o aspecto de vidro de garrafas. A palavra vem de Obsídio, que teria descoberto a pedra.