Em 1966 a arqueóloga Elizabeth Thomas publicou um livro no qual sugeria que aquele corpo obeso era de Hatshepsut. Seus argumentos: a múmia foi datada como sendo da XVIII dinastia (c. 1550 a 1307 a.C.) e encontra-se numa pose real; uma parte da máscara de madeira da múmia de Hatshepsut foi achada dentro da tumba KV60; sabe-se que Hatshepsut pediu que seus entes próximos fossem enterradas ao lado dela; havia um pequeno buraco no queixo da múmia, sugerindo que uma barba postiça havia sido fixada em algum ponto. Tudo isso eram apenas dados circunstanciais e a múmia permaneceu onde estava.

Em junho de 2007 surgiu uma nova evidência muito forte. Em 1881 havia sido encontrada uma caixa com o nome de Hatshepsut nela inscrito. Deduziu-se que deveria conter o fígado da rainha. O estojo não podia ser simplesmente aberto porque a resina se solidificara, soldando a tampa. Agora, ao fazerem uma tomografia computadorizada do objeto, os pesquisadores encontraram em seu interior um fígado e um estômago embalsamado e, surpreendentemente, um dente quebrado ao qual falta uma de suas raizes. O computador também mostrou que o dente se encaixa milimétricamente no espaço do molar que falta na boca da múmia e que a raiz que falta ao pedaço de dente, ali se encontra. Ao que parece o dente se soltou do cadáver durante o processo de mumificação e os sacerdotes o preservaram.

A tomografia também revelou que ela morreu por volta dos 50 anos de idade e tinha os dentes em más condições, com muitas cáries e inflamaçõs nas raízes dos dentes. Além disso, devia sofrer de alguma doença de pele repugnante na face e no pescoço, debilitando ainda mais sua saúde. Provavelmente tinha diabetes e parece ter morrido de câncer nos ossos, o qual se espalhou por todo seu corpo.

Em julho de 2007, amostras de DNA da múmia foram comparadas com amostras de DNA de seus parentes reais: sua avó Amósis-Nofretari, a matriarca da XVIII dinastia, e seu pai Tutmósis I (c. 1504 a 1492 a.C.). Os técnicos da Universidade de Manchester, que levaram a cabo o teste, concluíram que os resultados, ainda que preliminares, indicam que o corpo é, de fato, de Hatshepsut.