Antes de se chamar Kom el-Ahmar, que significa O Morro Vermelho, a cidade era conhecida como Nekhen. Ela teve um importante papel na mitologia egípcia e seu deus principal era um falcão, com duas grandes plumas na cabeça, chamado de Nekheny, o Nekhenita, desde muito cedo assimilado a Hórus. Antigo centro do terceiro nomo do Alto Egito, perdeu essa condição durante o Império Novo (c. 1550 a 1070 a.C.), quando passou a fazer parte do território administrado pelo vice-rei de Kush.

Ao longo de cerca de três quilômetros no limite do deserto estendem-se as ruínas, entre elas uma estrutura de tijolos, cuja finalidade não se conhece ao certo, provavelmente do dinástico primitivo e batizada de A Fortaleza. Um túmulo descoberto pelos arqueólogos no final do século XIX estava decorado com uma notável pintura representando barcos, homens e animais. É possível que pertencesse a um dos chefes locais do fim do período pré-dinástico. Era um túmulo subterrâneo de pequenas proporções, mas foi perdido.

No início da I dinastia (c. 2920 a 2770 a.C.), a cidade, de forma irregular, conhecida por Kom el-Ahmar, substituiu a povoação mais antiga no limiar do deserto — explica o egiptólogo John Baines. O seu canto sul, que ocupa cerca de um sexto da área total, era o complexo de templos. Parcialmente descoberto entre 1897 e 1899, um templo de tijolos continha um montículo de areia revestido de pedras, talvez o protótipo do hieróglifo com o qual se escrevia o nome Nekhen. Um dos objetos encontrados nele foi o leão sentado, com 42,5 cm de altura, que vemos na foto do topo desta página. Em cerâmica com cobertura vermelho-brilhante, é provavelmente da III dinastia (c. 2649 a 2575 a.C.). Os principais benfeitores do local foram os faraós Narmer (c. 3000 a.C.) e Khasekhemwy, da II dinastia (c. 2770 a 2649 a.C.). Posteriormente, muitos dos objetos votivos que tinham sido oferecidos ao templo foram reunidos e depositados num esconderijo, chamado de Depósito Principal. Os arqueólogos não sabem quando e porque isso foi feito, mas talvez tenha sido devido a uma reconstrução do templo, ou à incerteza dos tempos.

Paletas, pontas de maças, vasos de pedra e figuras esculpidas em marfim, entre outros objetos, estavam depositados naquele local e datam da época dos faraós acima mencionados. Algumas peças que não possuem inscrições podem ser de um período posterior. No decorrer da VI dinastia (c. 2323 a 2150 a.C.) talvez tenham sido feitas alterações na estrutura do templo. Dessa época foram descobertas duas grandes estátuas de cobre representando Pepi I (c. 2289 a 2255 a.C.) e Merenre (c. 2255 a 2246 a.C.); uma estela de granito representando um dos faraós Pepi na companhia de Hórus e Hátor; uma base de estátua de Pepi II; a cabeça de uma imagem de ouro de um falcão.